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Der Klosterstifter Kaspar Pfyffer kam nicht nur für den Bau des Klosters auf. Durch die Schenkung kostbarer Bücher legte er auch den Grundstein der wertvollen Klosterbibliothek. Im Staatsarchiv Luzern wird eine Liste aufbewahrt, auf der die Bücher zusammengestellt sind, die Kaspar Pfyffer für das Kloster Wesemlin erworben hatte.

Die Urbibliothek, wie diese ursprüngliche Sammlung genannt wird, ist zu einem grossen Teil bis heute erhalten.
Für die stetig wachsende Zahl von Büchern wurde im Jahre 1730 ein Neubau geschaffen, in dem die Bibliothek ihren gebührenden Platz bekam. Auch bei den Umbauten 1914 und 1954 wurde die Bibliothek räumlich erweitert.